Lukuisista tutkimuksista huolimatta ärtyneen suolen oireyhtymän syytä ei tunneta. On kuitenkin olemassa useita teorioita miten ja miksi IBS kehittyy.
- Monet tutkijat uskovat, että IBS johtuu siitä, kun suoli yliherkistyy normaaleille tuntemuksille. Tämän teorian mukaan IBS-potilailla suolen hermot ovat yliaktiivisia, jolloin potilas kokee normaalin määrän suolikaasua tai suolen liikkeet liiallisina ja kivuliaina.
- Joillakin potilailla tietyt ruoka-aineet voivat pahentaa oireita. Tämän vuoksi onkin epäilty, että ruoka-aineherkkyydellä voisi olla yhteyttä syntyyn. Tätä teoriaa tutkitaan edelleen.
- Joillakin potilailla IBS ilmenee suolistoinfektion jälkeen. Ei kuitenkaan ole selvillä miten tai miksi tulehdus laukaisee IBS-oireet. Suoliston häiriintyneellä bakteeriflooralla voi olla merkitystä.
- Erään toisen teorian mukaan IBS syntyisi suolenepänormaalien liikkeiden vuoksi, jotka aiheuttavat kivuliaita kramppeja.